DNA 합성 질문
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제가 알기로는 지연가닥에서 DNA중합효소가 RNA프라이머를 DNA로 교체해 주는것은 맞는데
윤도영 쌤 QnA에 올린건데 답이 좀 늦을것같아서 급해서 올려요
아시는분 댓글바랍니당
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평소에 합성해주는 DNA중합효소는
DNA Polymerase 3이고 이 효소는 RNA를 DNA로 바꿔주는 기능이 없어서 대신 DNA Polymerase1이 RNA 프라이머를 DNA로 교체해 주는것으로 알 고 있었는데 수업에서는 나중에 형성된 오카자키절편을 합성시키면서 쭉 내려오던 DNA중합효소가 이전에 생성된 프라이머를 교체해주는것처럼 표현하셔서 확인바랍니다.
그리고 2번쨰 질문은
214페이지 설명하실때입니다.
일단 정확한 메커니즘은 DNA Polymerase 3가 합성을 하고오다가 RNA를 DNA로 교체를 못시켜주기때문에
DNA Polymerase1이 RNA를 DNA로 교체해주고 연결효소가 빈틈을 매꾸는 것으로 알고 있는데요
근데
연결효소가 매꾸는 부분이
↓
-------------- ----------------------
[ 지연가닥 ] [프라이머][ DNA부분 ]
이쪽으로 알고 있었는데 확인 바랍니다.
YOUTUBE에 DNA Replication 검색해서 영상봐도 전부다
DNA Polyermase1이 프라이머쪽에 붙어서 DNA로 바꾸고 연결효소가 위에 화살표 친부분을 연결해주는 방식이던데 확인바랍니다
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양쪽으로 풀어지니까 지연가닥이 반대편에서는 선도가닥이라서 그런거 아닌가요?
선도가닥은 복제 원점부터 3'방항으로 DP3가 합성하구요 지연가닥은 남은 부분을 짧게짧게 DP3이 합성합니다.
제가 배운바로는. 선도가닥과 지연가닥이 합성되고나서 선도가닥의 RNA프라이머를 DP1이 붙어서 부수면서 합성하구요. 그 다음에 연결효소가 선도가닥과 지연가닥 사이의 틈(Nick)을 연결시켜줍니다.
저도 궁금했어요 저거..
프라이머였던자리가 DNA뉴클레오타이드로 교체될때 상하결합은 프라이머가있는 지연가닥이아니라 바로 전에 형성된 오카자키절편 3번말단에있는 뉴클레오타이드에 붙어서 일어나는거일텐데 리게이스가 매꿔주는부분은 실질적으로 저 화살표친부분인거 아닌가 생각했었거든요 ..
백호T QnA남기니깐 명확한답을 못얻어서ㅜ 답변얻으시면 알려주시면 감사하겠습니다ㅎㅎ
DNA pol. III가 DNA를 합성하고, DNA pol. I이 RNA primer을 DNA로 바꾸는 것이 맞습니다.
5'-- DNA / RNAprimer DNA --3' 으로 지연가닥에서 합성됩니다.
그리고 이때, /부분이 연결되지 않은 부분이고요. 그런데 DNA pol.I 이 일을 하면,
5'-- DNA DNA(primer였던 부분) / DNA --3' 으로 됩니다.
DNA pol. I도 뉴클레오타이드를 결합하려면 5'말단이 필요하기 때문입니다. 연결되지 않은 부분을 nick이라고 표현하는데, DNA pol. I이 일을 하면서 RNA부분을 DNA로 바꾸면서 nick이 3'쪽으로 이동하게 되는 것입니다.
그리고 이렇게 되었을데 ligase가 마지막으로 오카자키 절편을 연결합니다.
DNA pol. l 가 RNA 프라이머를 DNA 로 바꾸면서 자동으로 앞쪽 DNA와 어떻게 연결된건가요? 그리고 nick 이 이동하게 되는 원리나 이유좀 설명해주실 수 있나요?
dna의 뉴클레오타이드들을 연결시켜주는 에너지는 5번탄소의 인산에 붙어있는 2개의 고에너지인산결합으로부터 나오죠. nick이란게 별게 아닙니다. 그냥 홀로있는 3번말단 정도로 여기세요. rna프라이머를 떼내고 이 자리에 dna뉴클레오타이드를 집어넣습니다. 5번에서 3번 방향으로 dna합성하니까 홀로 있는 3번 말단은 당연히 5에서3방향으로 이동하겠죠? 근데 프라이머를 다 떼어내고나서 문제가 생겨요. 다음의 dna뉴클레오타이드가 이미 원래 붙어있었던 (지금은 새로운 dna뉴클레오타이드로 갈아끼운) rna프라이머와의 연결에 고에너지 인산결합을 사용한거죠. 결국 이 마지막 nick을 리게이스가 붙여주는 겁니다
심슨범님이 설명해주신 대로입니다.
말그대로 dNTP를 결합해서 DNA를 연결해갑니다. 그런데 이때 DNA의 3'부분에 새로운 뉴클레오타이드가 붙는 형식으로 연결이 되죠
즉 RNA primer을 제거할 때, RNA primer의 5'쪽의 RNA뉴클레오타이드 하나를 제거하고, DNA의 3'부분에 DNA뉴클레오타이드 하나를 연결하는 식입니다.
5'--0000 111100--3' (여기서 쉽게 0은 DNA뉴클레오타이드, 1은 RNA 뉴클레오타이드라고 하죠) 에서
5'--00000 11100--3' 이런 식으로 변화가 된다는 것입니다.
5'--00000000 00--3' 결국에는 이런 식으로 됩니다. 그리고 이때 연결이 안된 부분을 nick이라고 부르는 것일뿐입니다.
그렇다면 nick이 이동하는 것도 이해가 되시겠죠 :)
그리고 이 마지막 nick을 연결하는 것을 ligase가 하는 것입니다.
모의고사 치느라 지금 확인했네요~ 답변들 감사드립니다~!!
DNA중합효소의 종류는 잘 모르지만 키랄님 의견대로 마지막 rna프라이머는 다른 중합효소가 와서 떼어내고 dna로 교체 후 리게이스가 연결한다고 배웠었어요
키랄님 근데 제가 플래너에 댓글단거 답변 해주실수있나요 ㅠㅠ 방향잡기가 너무 힘들어서..